ОПЕРАТОРЫ АНТИ-СВЯЗНОСТИ

Пролин является иминокислотой (атом азота находится в пятичленном цикле) и в принципе не может образовать водородную связь с O_i-4=C.

Занимает первую строку блока С.

Аланин имеет очень короткую боковую цепь, которая может экранировать атом азота, препятствуя образованию водородной связи с O_i-4=C.

Находится во второй строке блока С.

Серин и треонин, как наблюдается в структурах изученных белков, часто образуют водородную связь с    O_i-3=C. В этом случае 4-х звенный цикл не возникает.

Они занимают 3-ю и 4-ую строки блока С.

Лейцин и валин - близкие аналоги. Метильные группы боковых цепей могут перекрывать связь

N_iH...O_i-4=C.

Находятся в 1-ой и 2-й строках блока U.

Аналогами лейцина и валина являются также фенилаланин и изолейцин. Их боковые цепи также могут перекрывать связь N_iH...O_i-4=C.

Расположены в 3-ей и 4-ой строках блока U.

Метионин является серосодержащей аминокислотой и по своему действию, вероятно, близок к изолейцину. Находится в 4-ой строке блока U.

Таким образом, все аминокислоты, расположенные в блоках C и U, принципиально  способны воссоздавать открытые конформации пентафрагментов белка и пригодны для выполнения функций операторов анти-связности

ОПЕРАТОРЫ СВЯЗНОСТИ

Глицин не имеет боковой цепи и легко образует 4-х звенный цикл - Gly₁.

 Из-за легкой подвижности H N_i+1- C=O-группы часто образует водородную связь N_i+1H...O_i-4=C, которая работает как оператор связности (Gly₂).

Находится в блоке G.

Боковые цепи серина и треонина образуют водородные связи с O_i-4=C и могут способствовать формированию 4-х звенных циклов.

Два серина принадлежат триплетам из блока G, а треонин находится в блоке C на границе с блоком G.

Цистеин - серосодержащий аналог серина. Его боковая цепь может участвовать в образовании 4-х звенных циклов.

Находится в третьей строке блока G.

Боковые цепи аспарагиновой кислоты и аспарагина структурно близки. Образуют водородные связи с O_i-4=C.

Находятся в блоке A.

Боковые цепи гистидина и триптофана содержат гетероциклы. Несмотря на редкую встречаемость, обе они образуют водородные связи с O_i-4=C.

Расположены, соответственно, в блоках A и G.

Глютаминовая кислота и глютамин являются структурными аналогами аспарагиновой кислоты и аспарагина, также часто участвуют в образовании водородных связей с O_i-4=C.

Находятся в блоке A.

Боковые цепи аргинина и лизина близки как по структурным, так и по физическим свойствам.

Несмотря на большой размер, образуют водородные связи с O_i-4=C.

Расположены, соответственно, в блоках G и A.

Тирозин имеет наиболее протяженную боковую цепь. Анализ более 300 структур белков не выявил 4-х звенных циклов с одновременным образованием водородной связи его боковой цепи с основной цепью.

Обычно обнаруживалось, что при образовании водородной связи боковой цепи с O_i-4=C водородная связь N_iH...O_i-4=C была нарушена.

Расположен в блоке  A.

Таким образом, практически все аминокислоты, которые могут претендовать на роль операторов связности, находятся в блоках G и A.